Instytut Historii i Archiwistyki UMK współpracuje z wieloma instytucjami i towarzystwami, między innymi z:
Archiwum Akt Dawnych Diecezji Toruńskiej
Centrum Badań Antropologii Historii. Stacja Badawcza PTH
Centrum Szkolenia Artylerii i Uzbrojenia w Toruniu
Europejski Instytut Historii i Kultury Wyżywienia (IEHCA)
Fundacja Generał Elżbiety Zawackiej
Instytut Kultury Polskiej w Nowym Jorku
Instytut Kultury Polskiej w Londynie
Książnica Kopernikańska w Toruniu
Kujawsko-Pomorskie Centrum Kształcenia Nauczycieli w Toruniu
Laboratorium Cyfrowe Humanistyki Uniwersytetu Warszawskiego
Muzeum im. dr. Władysława Łęgi w Grudziądzu
Muzeum Marynarki Wojennej w Gdyni
Muzeum Pałacu Króla Jana III w Wilanowie
Muzeum Wojsk Lądowych w Bydgoszczy
Polskie Towarzystwo Badań nad Wiekiem Osiemnastym
Polskie Towarzystwo Historyczne
Polskie Towarzystwo Ludoznawcze
Stowarzyszenie Archiwistów Kościelnych
Stowarzyszenie Archiwistów Polskich
Towarzystwo Miłośników Torunia
Towarzystwo Przyjaciół Dolnej Wisły
Zespół Parków Krajobrazowych nad Dolną Wisłą
Zespół Szkół Ponadpodstawowych w Chełmży
Niektóre z tych instytucji znalazły się wśród tzw. interesariuszy naszego Instytutu – swoimi doświadczeniami pomagają nam w jak najefektywniejszym kształceniu na kierunkach studiów realizowanych przez IHiA UMK.